近年來(lái)，南京市與瀘州市、江蘇海事局、長(zhǎng)江航務(wù)管理局分別簽署戰(zhàn)略合作協(xié)議。南京港先后開(kāi)通“宜賓—南京—環(huán)渤海灣/日韓”、“瀘州—南京—日韓”、“南京—太倉(cāng)—日本”等集裝箱航線，并在淮安、南昌等地以資本合作形式設(shè)立內(nèi)陸港，并與舟山、唐山、宜賓、合肥、淮安等港口建立戰(zhàn)略合作關(guān)系。

當(dāng)前，南京正在發(fā)展樞紐型經(jīng)濟(jì)，打造長(zhǎng)江航運(yùn)物流中心，建設(shè)海港樞紐經(jīng)濟(jì)區(qū)。根據(jù)《南京海港樞紐經(jīng)濟(jì)區(qū)發(fā)展規(guī)劃》，南京市將按照創(chuàng)新驅(qū)動(dòng)、功能融合、產(chǎn)業(yè)支撐、市場(chǎng)導(dǎo)向、集約發(fā)展、服務(wù)區(qū)域的原則，在產(chǎn)業(yè)發(fā)展、城市空間、土地利用、生態(tài)環(huán)境保護(hù)“四規(guī)合一”的基礎(chǔ)上，規(guī)劃建設(shè)“一帶(長(zhǎng)江航運(yùn)物流發(fā)展帶)兩核(龍?zhí)逗８劢?jīng)濟(jì)區(qū)、下關(guān)長(zhǎng)江國(guó)際航運(yùn)物流服務(wù)集聚區(qū))三區(qū)(江北、七壩、濱江海港樞紐經(jīng)濟(jì)區(qū))”、總面積298平方公里的海港樞紐經(jīng)濟(jì)區(qū)。初步規(guī)劃投資1350億元建設(shè)90個(gè)項(xiàng)目，立足南京，面向亞太，輻射中西部，服務(wù)長(zhǎng)江流域，建設(shè)成為“服務(wù)高效、產(chǎn)業(yè)高端、環(huán)境生態(tài)”的海港樞紐經(jīng)濟(jì)區(qū)，成為長(zhǎng)江流域重要的江海轉(zhuǎn)運(yùn)綜合樞紐、長(zhǎng)江經(jīng)濟(jì)帶上重要的新興產(chǎn)業(yè)集聚區(qū)、南京樞紐經(jīng)濟(jì)的核心載體。“十三五”期間，海港樞紐經(jīng)濟(jì)區(qū)增加值高于全市GDP增速10個(gè)百分點(diǎn)。到2020年，港口貨物吞吐量達(dá)到2.6億噸、集裝箱吞吐量達(dá)到400萬(wàn)標(biāo)箱。